ข้อเสียของถุงอนามัยผู้หญิง

จะต้องใช้ถุงอนามัยผู้หญิงอย่างถูกต้อง ถ้าไม่ได้ใส่ถุงอนามัยผู้หญิงไว้ก่อน และอวัยวะเพศชายสัมผัสกับอวัยวะเพศหญิง อาจจะเกิดการท้องขึ้นได้ เพราะอสุจิอาจจะมีการเล็ดรอดออกมาในช่วงก่อนใช้ถุงอนามัยผู้หญิง
เมื่อใช้ถุงอนามัยผู้หญิง ทั้งคู่จะต้องช่วยกันดูว่าอวัยวะเพศชายสอดใส่เข้าไปภายในถุงอนามัย ไม่ใช่ออกมานอกถุง และปากถุงต้องอยู่ด้านนอกเสมอ
ถุงอนามัยผู้หญิงสามารถหลุดออก หรือ ถูกดันเข้าไปอยู่ในช่องคลอดได้ในระหว่างมีเพศสัมพันธ์ ซึ่งจะหมดประสิทธิภาพในการป้องกัน
ถ้าคนใดคนหนึ่งกำลังรักษาเชื้อราอยู่และใช้ยาที่มีรูปแบบครีม ครีมยานี้จะรบกวนประสิทธิภาพของถุงอนามัยที่ทำจากยางพาราได้ ถ้าจะให้ปลอดภัยควรใช้ถุงอนามัยที่ทำจากโพลียูรีเทนในกรณีนี้
ถุงอนามัยผู้หญิงแพงกว่าถุงยางผู้ชาย และในหลายประเทศไม่มีจำหน่าย